Для того, чтобы управлять отображением товара на сайте через 1С, надо зайти в Настройку обмена данными с Агорой и перейти на вкладку Фильтр выгрузки номенклатуры.
Чтобы не отображать конкретный товар на сайте, надо снять с него галочку (Рис.1 П.1) (для папки - соответственно снять галочку со всей папки).
После этого нужно нажать кнопку Записать (Рис.1 П.2), и потом кнопку Выполнить экспорт (Рис.1 П.3).
Стоит отметить, что при этом сам товар с сайта не удалится - он не будет отображаться на сайте, а в административной панели виден будет.
Рис.1 - Отображение товара на сайте